啟東市交通運輸局設(shè)下列十二個內(nèi)設(shè)機構(gòu)：
（一）辦公室（交通戰(zhàn)備辦公室）。組織協(xié)調(diào)局機關(guān)行政日常事務(wù)工作，指導(dǎo)全市交通運輸系統(tǒng)文秘工作；負(fù)責(zé)文秘、信息、信訪、機要、保密、檔案和人大代表建議、政協(xié)委員提案辦理工作；負(fù)責(zé)起草局綜合性文稿、重要報告，編纂史志、年鑒，負(fù)責(zé)有關(guān)會議的組織工作；負(fù)責(zé)局機關(guān)資產(chǎn)管理、車輛管理、安全保衛(wèi)、后勤保障、對外接待等工作；負(fù)責(zé)全市國防交通戰(zhàn)備動員工作。
（二）人事科。負(fù)責(zé)市交通運輸系統(tǒng)黨組織建設(shè)和黨員發(fā)展、教育、管理、監(jiān)督等工作；指導(dǎo)交通運輸行業(yè)體制改革和隊伍建設(shè)；負(fù)責(zé)機關(guān)及所屬事業(yè)單位的機構(gòu)編制、干部人事、勞動工資工作；指導(dǎo)交通運輸專業(yè)技術(shù)職稱、技工職業(yè)技能、等級考核和人才交流、智力引進工作；負(fù)責(zé)、指導(dǎo)交通運輸系統(tǒng)精神文明建設(shè)及思想政治宣傳教育工作；負(fù)責(zé)市交通運輸系統(tǒng)內(nèi)黨風(fēng)廉政建設(shè)、反腐敗建設(shè)和作風(fēng)建設(shè)工作的指導(dǎo)、監(jiān)督和檢查。
（三）法規(guī)科（行政服務(wù)科）。指導(dǎo)交通執(zhí)法隊伍建設(shè)，組織開展法制宣傳教育；承擔(dān)全市交通運輸綜合行政執(zhí)法的協(xié)調(diào)管理工作；負(fù)責(zé)交通執(zhí)法聽證制度的實施；負(fù)責(zé)行政復(fù)議和重大處罰案件的審核，協(xié)調(diào)交通行政執(zhí)法和執(zhí)法監(jiān)督工作；承辦交通行政復(fù)議案件和行政訴訟案件，承擔(dān)交通行業(yè)法律咨詢和服務(wù)工作；負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)局屬單位內(nèi)部綜合治理和調(diào)解工作，來信來訪及投訴處理工作；承擔(dān)公路、港口、海事、運輸管理、建設(shè)管理、質(zhì)量監(jiān)督等交通運輸行政許可工作，并限時辦結(jié)；組織實施啟東市級交通運輸行政許可統(tǒng)一受理、統(tǒng)一審批、統(tǒng)一送達工作；負(fù)責(zé)指導(dǎo)推進全市交通運輸“放管服”改革工作。
（四）規(guī)劃計劃科。承擔(dān)交通工程建設(shè)項目前期管理工作；組織擬訂全市綜合交通運輸體系規(guī)劃和公路、航道、港口、民用航空等發(fā)展規(guī)劃；負(fù)責(zé)客運發(fā)展規(guī)劃和道路客貨運基礎(chǔ)設(shè)施發(fā)展規(guī)劃；擬定交通基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)中長期計劃和年度投資計劃；負(fù)責(zé)監(jiān)督年度投資計劃的執(zhí)行情況；組織編制有關(guān)交通工程建設(shè)項目的項目建議書、可行性研究報告，負(fù)責(zé)組織初步設(shè)計、項目概算文件的編制和報批等前期工作；組織做好專項評估工作；負(fù)責(zé)公路、航道工程施工圖設(shè)計審查與變更審批工作。
（五）工程管理科。擬訂交通工程建設(shè)質(zhì)量發(fā)展目標(biāo)和政策并組織實施；承擔(dān)交通建設(shè)市場監(jiān)管，監(jiān)督管理公路、航道、港口等工程建設(shè)項目招標(biāo)投標(biāo)工作；承擔(dān)公路、航道、港口等工程建設(shè)、運營和維護的行業(yè)管理工作，負(fù)責(zé)交通建設(shè)工程實施階段程序管理；組織和指導(dǎo)交通建設(shè)工程設(shè)計、施工、監(jiān)理、定額造價、試驗檢測的監(jiān)督管理；承擔(dān)交通建設(shè)市場主體的信用管理；統(tǒng)籌推進市級交通重大項目；參與有關(guān)交通工程建設(shè)項目交工驗收，組織竣工驗收。
（六）財務(wù)科。指導(dǎo)交通運輸行業(yè)財務(wù)、會計和審計工作；負(fù)責(zé)組織編報部門預(yù)決算；承擔(dān)交通運輸資金的申請、撥付、監(jiān)管及會計核算工作；組織機關(guān)及所屬事業(yè)單位開展內(nèi)部審計并完善內(nèi)部控制機制。
（七）安全科。組織擬訂并監(jiān)督實施公路、水路和港口安全生產(chǎn)政策和應(yīng)急預(yù)案；負(fù)責(zé)公路、水路和港口安全生產(chǎn)綜合監(jiān)管；負(fù)責(zé)有關(guān)安全生產(chǎn)和應(yīng)急處置體系建設(shè)；組織協(xié)調(diào)交通運輸行業(yè)安全生產(chǎn)監(jiān)管工作；承擔(dān)公路、水路和港口突發(fā)公共事件應(yīng)急監(jiān)管工件；負(fù)責(zé)全市交通運輸行業(yè)單位的安全生產(chǎn)責(zé)任制的落實和考核工作；負(fù)責(zé)全市交通運輸行業(yè)的安全宣傳教育和安全培訓(xùn)工作；依法組織或配合有關(guān)事故調(diào)查和處理工作；組織對全市交通運輸行業(yè)的安全生產(chǎn)評比工作。
（八）客貨運管理科。負(fù)責(zé)全市道路客運、城市客運、道路貨運、交通物流業(yè)的發(fā)展、規(guī)劃和管理工作；承擔(dān)公共汽車、出租汽車、城際客運、客運站、道路貨運等行業(yè)管理工作，指導(dǎo)綜合運輸體系建設(shè)，負(fù)責(zé)道路客貨運企業(yè)及站場的行業(yè)信用管理工作。
（九）水運管理科（生態(tài)環(huán)保辦公室）。承擔(dān)水路貨運行業(yè)管理工作；承擔(dān)我市內(nèi)河通航水域氣象觀測、地質(zhì)調(diào)查、大面積清除水面垃圾和其他可能影響內(nèi)河通航安全作業(yè)行為的備案工作。貫徹落實和推進交通運輸行業(yè)污染防治工作；依法組織或參與環(huán)境污染事件調(diào)查處理工作。
（十）維修駕培科。負(fù)責(zé)全市道路運輸從業(yè)人員資格管理工作；負(fù)責(zé)做好機動車維修業(yè)戶備案制度的貫徹落實工作；負(fù)責(zé)抓好全市一二類維修企業(yè)和駕培機構(gòu)的信用管理工作；負(fù)責(zé)機動車維修、機動車駕駛員培訓(xùn)、營運車輛綜合性能檢測等行業(yè)管理工作；負(fù)責(zé)道路運輸車輛技術(shù)管理工作；負(fù)責(zé)全市機動車維修與駕培行業(yè)維修質(zhì)量、培訓(xùn)質(zhì)量與收費等糾紛調(diào)解工作；指導(dǎo)并監(jiān)督交通運輸行業(yè)節(jié)能減排、新能源或清潔能源推廣使用工作。
（十一）港口管理科（航空辦公室）。負(fù)責(zé)全市沿江沿海及內(nèi)河港口管理工作；貫徹落實全市港口發(fā)展政策和管理制度，統(tǒng)籌推進現(xiàn)代化港口體系建設(shè)和港口資源利用研究；負(fù)責(zé)全市港口岸線、陸域、水域管理和經(jīng)營市場秩序監(jiān)管；負(fù)責(zé)港口設(shè)施保安履約管理工作；負(fù)責(zé)指導(dǎo)航道、錨地、過駁區(qū)等公用基礎(chǔ)設(shè)施管理工作；負(fù)責(zé)港口對外合作及港際交流；指導(dǎo)全市通用機場建設(shè)、運行管理和通用航空產(chǎn)業(yè)發(fā)展；參與協(xié)調(diào)重要航線的開辟和重大航空任務(wù)的實施。
（十二）鐵路管理科。參與擬訂鐵路規(guī)劃；配合做好鐵路項目的申報、立項、勘測、設(shè)計等前期工作；配合做好鐵路建設(shè)資金的籌措工作；按國家、省、市有關(guān)規(guī)定，協(xié)調(diào)全市境內(nèi)鐵路建設(shè)的征地拆遷安置等；負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)鐵路建設(shè)過程中的矛盾和問題，協(xié)調(diào)處理鐵路和地方建設(shè)關(guān)系；指導(dǎo)和協(xié)調(diào)全市鐵路站場周邊綜合配套和開發(fā)建設(shè)工作；配合做好鐵路運營方面的相關(guān)工作。