市水務(wù)局設(shè)下列7個內(nèi)設(shè)機構(gòu)：
（一）辦公室。負(fù)責(zé)機關(guān)日常運轉(zhuǎn)，負(fù)責(zé)黨建、紀(jì)檢、宣傳、安全、信息、政務(wù)公開等工作；負(fù)責(zé)機關(guān)及所屬單位的干部人事、機構(gòu)編制、隊伍建設(shè)、勞動工資、教育培訓(xùn)、績效管理等工作；指導(dǎo)全市水利系統(tǒng)人才工作和職工隊伍建設(shè)；負(fù)責(zé)離退休干部工作。
（二）財務(wù)審計科。指導(dǎo)水利系統(tǒng)財務(wù)會計和系統(tǒng)內(nèi)審計工作；負(fù)責(zé)編制市級水利部門預(yù)算并監(jiān)督執(zhí)行；負(fù)責(zé)市級水利資金的使用及監(jiān)督管理；負(fù)責(zé)市級水利國有資產(chǎn)的監(jiān)督管理工作；提出有關(guān)水利的價格、收費、信貸的建議；負(fù)責(zé)所屬事業(yè)單位財務(wù)管理、系統(tǒng)內(nèi)審計和領(lǐng)導(dǎo)干部的任期經(jīng)濟責(zé)任審計工作。
（三）工程管理科（規(guī)劃科、質(zhì)量監(jiān)督科）。擬訂全市水利發(fā)展規(guī)劃，組織編制區(qū)域水利綜合規(guī)劃、專業(yè)規(guī)劃、專項規(guī)劃并監(jiān)督實施；擬定市級水利固定資產(chǎn)投資計劃；組織指導(dǎo)有關(guān)防洪論證工作；編制、審查大中型水利建設(shè)項目建議書、可行性研究報告；組織實施省下達的水利建設(shè)投資計劃，承擔(dān)水利統(tǒng)計工作；組織指導(dǎo)市水利重點工程項目的初步設(shè)計及概算；組織指導(dǎo)全市水利基本建設(shè)管理工作，負(fù)責(zé)市重點水利工程建設(shè)項目法人及招投標(biāo)活動的監(jiān)督管理；組織指導(dǎo)全市水利工程建設(shè)；負(fù)責(zé)市重點水利工程建設(shè)的驗收；組織指導(dǎo)水利建設(shè)市場的監(jiān)督管理和水利建設(shè)市場信用體系建設(shè)；督促檢查水利重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實情況；組織實施水利工程質(zhì)量和安全監(jiān)督；承擔(dān)水利行業(yè)安全生產(chǎn)監(jiān)督管理工作；組織或參與制定水利行業(yè)安全管理規(guī)程規(guī)范；指導(dǎo)市屬水利工程管理單位、重點建設(shè)項目的安全監(jiān)管；組織重大水利安全生產(chǎn)事故的調(diào)查處理；組織指導(dǎo)水旱災(zāi)害防御和水量調(diào)度工作；組織編制洪水干旱災(zāi)害防治規(guī)劃和防護標(biāo)準(zhǔn)并指導(dǎo)實施；編制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱災(zāi)調(diào)度及應(yīng)急水量調(diào)度方案，按程序報批并組織實施；承擔(dān)水情旱情監(jiān)測研判預(yù)警工作；承擔(dān)防御洪水應(yīng)急搶險的技術(shù)支撐工作；承擔(dān)臺風(fēng)防御期間重要水工程調(diào)度工作；組織指導(dǎo)全市水利設(shè)施的管理、保護和綜合利用；組織指導(dǎo)監(jiān)督跨區(qū)域調(diào)水工程的調(diào)度管理等工作；負(fù)責(zé)市屬水利工程的運行管理；組織編制水利工程運行調(diào)度規(guī)程，指導(dǎo)水庫、泵站、堤防、水閘等水利工程的運行管理與確權(quán)劃界；組織指導(dǎo)城市防洪和水利工程的運行管理；組織實施引江調(diào)水等工作；負(fù)責(zé)全市水域及其岸線的管理和保護，負(fù)責(zé)流域和區(qū)域主要河道、水庫及河口的開發(fā)、治理和保護；組織指導(dǎo)河道水生態(tài)保護與修復(fù)以及河道水系連通工作；會同相關(guān)部門指導(dǎo)全市河道保護規(guī)劃編制工作；負(fù)責(zé)河道采砂規(guī)劃和計劃的編制并監(jiān)督實施。
（四）政策法規(guī)科（行政服務(wù)科、水資源管理科）。負(fù)責(zé)擬訂全市水利法制建設(shè)規(guī)劃、計劃并組織實施；負(fù)責(zé)規(guī)范性文件的合法性審查、備案并監(jiān)督實施；組織開展有關(guān)水利改革與發(fā)展的政策研究；負(fù)責(zé)法治水利建設(shè)和依法行政工作；指導(dǎo)全市水政監(jiān)察和水行政執(zhí)法工作；負(fù)責(zé)水利系統(tǒng)法治宣傳教育和普法宣傳工作；承辦行政復(fù)議、行政訴訟和行政賠償工作；負(fù)責(zé)洪水影響評價類、取水許可及生產(chǎn)建設(shè)項目水土保持方案、河道采砂及管理范圍內(nèi)從事有關(guān)活動、水利項目設(shè)計文件審查等行政審批工作，并限時辦結(jié)；負(fù)責(zé)辦理12345熱線工作；承擔(dān)實施最嚴(yán)格水資源管理制度相關(guān)工作，指導(dǎo)開展水資源有償使用工作；組織水資源承載能力監(jiān)測預(yù)警工作；組織編制并發(fā)布市水資源公報；指導(dǎo)水量分配工作并監(jiān)督實施，組織指導(dǎo)河道生態(tài)流量水量管理；組織編制水資源保護規(guī)劃，指導(dǎo)飲用水水源保護有關(guān)工作，按規(guī)定組織飲用水源地設(shè)置論證工作；負(fù)責(zé)地下水開發(fā)利用和地下水資源管理和保護，組織指導(dǎo)地下水超采區(qū)綜合治理；參與編制水功能區(qū)劃和指導(dǎo)入河排污口設(shè)置管理工作；指導(dǎo)水利行業(yè)供水、排水和再生水利用工作；指導(dǎo)雨洪資源利用的工程建設(shè)與管理；擬訂節(jié)約用水政策，組織編制并協(xié)調(diào)實施節(jié)約用水規(guī)劃，擬訂行業(yè)用水標(biāo)準(zhǔn)并監(jiān)督實施；組織指導(dǎo)計劃用水、節(jié)約用水工作；組織實施用水總量、用水效率控制和定額管理制度；組織指導(dǎo)和推動全市節(jié)水型社會建設(shè)工作；承擔(dān)節(jié)水型城市創(chuàng)建有關(guān)工作；會同相關(guān)部門指導(dǎo)農(nóng)業(yè)節(jié)水工作；指導(dǎo)城市污水處理回用等非常規(guī)水源開發(fā)利用工作；承擔(dān)三峽移民領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室日常工作，負(fù)責(zé)三峽移民管理工作，負(fù)責(zé)三峽移民后期扶持政策實施工作。
（五）農(nóng)村水利與水土保持科。組織指導(dǎo)鄉(xiāng)鎮(zhèn)供排水、農(nóng)村河道疏浚整治、農(nóng)村水利橋梁等工程建設(shè)管理工作；指導(dǎo)農(nóng)村飲水安全、節(jié)水灌溉有關(guān)工作；指導(dǎo)農(nóng)村水利社會化服務(wù)體系建設(shè)；指導(dǎo)全市水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持規(guī)劃并監(jiān)督實施，負(fù)責(zé)水土流失監(jiān)測、預(yù)報并公告；組織編制水利科技、水利信息化發(fā)展規(guī)劃；負(fù)責(zé)水利科技項目和科技成果管理工作，組織水利科學(xué)技術(shù)研究、技術(shù)引進和技術(shù)推廣；組織指導(dǎo)全市水利行業(yè)技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)、規(guī)程規(guī)范的實施；指導(dǎo)水利科技和水利信息化工作；負(fù)責(zé)水利行業(yè)對外合作與交流工作。
（六）河長制工作科。承擔(dān)市河長制工作領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室的日常工作；組織擬訂推行河長制工作制度，編制工作計劃和考核目標(biāo)；向市級河長提出工作建議，落實市級河長確定的事項；對河長制工作落實情況進行檢查、督查、考核；協(xié)調(diào)督導(dǎo)河長制工作重點事項和問題。
（七）安全生產(chǎn)監(jiān)管科。牽頭擬訂本部門、本行業(yè)落實安全生產(chǎn)責(zé)任制和相關(guān)法律法規(guī)的工作規(guī)劃;指導(dǎo)本部門、本行業(yè)安全生產(chǎn)綜合監(jiān)管工作;組織開展本部門、本行業(yè)安全檢査和專項檢査;參與各類安全生產(chǎn)事故調(diào)查工作;綜合協(xié)調(diào)本部門、本行業(yè)安全生產(chǎn)工作等。