市水務局負責貫徹落實中央關于水利工作的方針政策和省委、南通市委、啟東市委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對水利工作的集中統(tǒng)一領導。主要職責是：
（一）貫徹執(zhí)行黨和國家有關水利方面的方針政策、法律法規(guī)以及省、南通市和啟東市決策部署，擬訂全市水利工作的發(fā)展戰(zhàn)略和政策措施并監(jiān)督實施。
（二）負責保障水資源的合理開發(fā)利用。編制全市水資源規(guī)劃和區(qū)域水利綜合規(guī)劃、防洪規(guī)劃、水土保持等水利規(guī)劃。編制全市水域及其岸線利用、主要河道治理和河口控制等專業(yè)（項）規(guī)劃。對有關國民經(jīng)濟和社會發(fā)展規(guī)劃、城鄉(xiāng)總體規(guī)劃、國土空間規(guī)劃中的涉水內(nèi)容提出意見建議，組織開展重大建設項目的水資源、防洪、水土保持論證評價工作。
（三）負責生活、生產(chǎn)經(jīng)營和生態(tài)環(huán)境用水的統(tǒng)籌和保障。組織實施最嚴格水資源管理制度，實施水資源的統(tǒng)一監(jiān)督管理，擬訂全市水中長期供求規(guī)劃、水量分配方案并監(jiān)督實施。負責重點水利工程的水資源調(diào)度。組織實施取水（含礦泉水、地熱水）許可、水資源論證制度，指導開展水資源有償使用工作。指導水利行業(yè)供水、排水和再生水利用工作。
（四）負責水資源保護工作。組織編制并實施水資源保護規(guī)劃。指導飲用水水源保護有關工作，按規(guī)定組織飲用水源地設置論證工作。組織地下水開發(fā)利用和地下水資源管理保護。組織地下水超采區(qū)綜合治理。對主要河道和地下水實施監(jiān)測，發(fā)布水資源公報。按規(guī)定組織開展水資源調(diào)查評價和水資源承載能力監(jiān)測預警工作。
（五）負責節(jié)約用水工作。擬訂節(jié)約用水政策，組織編制節(jié)約用水規(guī)劃。組織實施用水總量控制等管理制度，指導和推動全市節(jié)水型社會建設工作。牽頭節(jié)水型城市創(chuàng)建工作。
（六）組織指導市水利固定資產(chǎn)投資計劃和資金監(jiān)督管理工作。負責本級財政性水利資金的計劃、使用、管理及審計監(jiān)督。研究提出有關水利的價格、收費、信貸、財務等方面的意見。
（七）組織實施重點水利工程建設和質(zhì)量監(jiān)督。組織指導水利基礎設施網(wǎng)絡建設，組織指導實施全市重要水利工程建設。指導水利建設市場的監(jiān)督管理。編制、審查重點水利基本建設項目建議書和可行性報告。負責全市水利工程建設質(zhì)量監(jiān)督工作。依法負責水利行業(yè)安全生產(chǎn)工作。
（八）負責河道水域及其岸線的管理、保護與綜合利用。負責主要河道、河口的治理、開發(fā)和保護。組織指導河道水生態(tài)保護與修復、河道生態(tài)流量水量管理以及河道水系連通工作。
（九）組織指導水利設施的管理與保護。組織編制水利工程運行調(diào)度規(guī)程，組織指導水庫、泵站、堤防、水閘等水利工程的運行管理與確權劃界。負責市屬水利工程的運行管理。
（十）指導農(nóng)村水利工作。組織開展大中型灌排工程建設與改造。組織指導各鎮(zhèn)供排水、農(nóng)村河道疏浚整治、農(nóng)村水利橋梁等工程建設與管理工作；指導農(nóng)村飲水安全、節(jié)水灌溉有關工作。指導農(nóng)村水利改革創(chuàng)新和社會化服務體系建設。牽頭負責農(nóng)村水環(huán)境治理工作，推進農(nóng)村河道整治工作。
（十一）組織指導水土保持工作。組織編制水土保持規(guī)劃并監(jiān)督實施，指導水土流失綜合防治、監(jiān)測預報并定期公告。指導生產(chǎn)建設項目水土保持監(jiān)督管理工作。指導市重點水土保持建設項目的實施。
（十二）負責水旱災害防御及水量調(diào)度工作。組織編制洪水干旱災害防治規(guī)劃和防護標準并指導實施。承擔水情旱情監(jiān)測研判預警工作。組織編制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱災調(diào)度及應急水量調(diào)度方案，按程序報批并組織實施。承擔防御洪水應急搶險的技術支撐工作。承擔臺風防御期間水工程調(diào)度工作。
（十三）負責三峽移民管理工作。貫徹落實三峽移民有關政策，負責三峽移民后期扶持政策的實施。
（十四）負責水利科學技術研究和推廣工作，組織全市水利行業(yè)技術標準、規(guī)程規(guī)范的實施，組織開展水利信息化工作和水利行業(yè)對外技術合作與交流工作。
（十五）負責查處重大涉水違法事件，協(xié)調(diào)和仲裁跨區(qū)鎮(zhèn)的水事矛盾糾紛。負責水利行政許可、水政監(jiān)察、水行政執(zhí)法和普法宣傳工作。負責全市河道采砂管理和監(jiān)督檢查工作。
（十六）承擔市河長制工作領導小組日常工作。
（十七）承辦市委、市政府交辦的其他事項。
（十八）職能轉(zhuǎn)變。加強水資源的合理利用、優(yōu)化配置和節(jié)約保護。堅持節(jié)水優(yōu)先，從增加供給轉(zhuǎn)向更加重視需求管理，嚴格控制用水總量和提高用水效率。堅持統(tǒng)籌兼顧，保障合理用水需求和水資源的可持續(xù)利用。加強水域和水利工程的管理保護，加強長江啟東段水域及其岸線管理與保護工作。