市衛(wèi)生健康委員會設10個內(nèi)設機構(gòu)，各內(nèi)設機構(gòu)主要職責如下。
（一）辦公室。負責機關日常運轉(zhuǎn)工作,承擔文電、會務、機要、檔案、督查、重要文稿起草、保密、信訪、政務公開、建議提案辦理等工作；擬訂衛(wèi)生健康工作年度責任目標，負責衛(wèi)生健康系統(tǒng)綜合目標管理考核；負責監(jiān)督、指導、協(xié)調(diào)機關及所屬事業(yè)單位安全保衛(wèi)工作；承擔新聞宣傳和信息發(fā)布、網(wǎng)絡輿情應對處置等工作。
（二）人事科。擬訂全市衛(wèi)生健康人才發(fā)展政策、規(guī)劃并組織實施；指導全市衛(wèi)生健康人才隊伍建設；負責機關和所屬事業(yè)單位的機構(gòu)編制、干部人事、勞動工資等工作；負責衛(wèi)生健康專業(yè)技術人員資格考試、職稱評聘工作；組織指導衛(wèi)生健康管理干部培訓工作；負責機關及所屬事業(yè)單位的黨建、意識形態(tài)和精神文明建設等工作；負責雙擁、統(tǒng)戰(zhàn)及離退休干部工作；組織指導衛(wèi)生健康工作領域的對外交流與合作；承擔機關及所屬事業(yè)單位外事管理工作；協(xié)助做好援疆、援青、援外工作。
（三）財務審計科。擬訂全市衛(wèi)生健康經(jīng)濟政策；承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產(chǎn)管理、政府采購和內(nèi)部審計工作；提出各類衛(wèi)生健康專項資金安排建議并監(jiān)督使用；負責衛(wèi)生總費用核算工作；提出全市醫(yī)療服務價格政策建議；協(xié)調(diào)指導所屬事業(yè)單位基本建設和基礎建設項目推進等工作。
（四）法規(guī)科（綜合監(jiān)督科、行政服務科）。承擔規(guī)范性文件的合法性審查工作，承擔行政復議、行政應訴和法律法規(guī)咨詢、解釋等工作；負責衛(wèi)生健康行政審批工作，并限時辦結(jié)；承擔公共衛(wèi)生、醫(yī)療衛(wèi)生等監(jiān)督工作，查處醫(yī)療服務市場違法行為；組織開展職業(yè)衛(wèi)生、放射衛(wèi)生、學校衛(wèi)生、公共場所衛(wèi)生、飲用水衛(wèi)生、傳染病防治和健康產(chǎn)業(yè)等監(jiān)督檢查；完善綜合監(jiān)督體系，指導規(guī)范執(zhí)法行為；推進全市衛(wèi)生健康誠信體系建設；開展食品安全風險監(jiān)測、評估和交流，承擔食品安全企業(yè)標準跟蹤管理。
（五）基層衛(wèi)生和婦幼健康科（衛(wèi)生應急辦公室）。擬訂基層衛(wèi)生健康政策并組織實施；指導全市基層衛(wèi)生健康服務體系建設和基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)能力評價工作；指導家庭醫(yī)生簽約服務、基層基本公共衛(wèi)生服務和鄉(xiāng)村醫(yī)生相關管理工作；擬訂全市重大疾病防治規(guī)劃、免疫規(guī)劃、嚴重危害人民健康的公共衛(wèi)生問題的干預措施并組織實施，完善疾病預防控制體系，防止和控制疾病的發(fā)生和疫情的蔓延；承擔全市法定報告?zhèn)魅静∫咔樾畔⑹占蠄蠊ぷ鳎怀袚械胤讲》乐晤I導小組辦公室、市艾滋病與結(jié)核病防治工作委員會辦公室的日常工作；擬訂全市職業(yè)衛(wèi)生、放射衛(wèi)生相關政策并組織實施；開展重點職業(yè)病監(jiān)測、專項調(diào)查、職業(yè)健康風險評估和職業(yè)人群健康管理工作；承擔職業(yè)病防治工作；擬訂全市婦幼衛(wèi)生健康政策，并組織實施；推進婦幼健康服務體系建設；指導婦幼衛(wèi)生、母嬰健康安全保障、出生缺陷防治、嬰幼兒早期發(fā)展和生育技術服務工作；規(guī)范避孕藥具管理；承擔突發(fā)公共衛(wèi)生事件的預防控制和緊急醫(yī)學救援工作；組織編制專項預案，承擔預案演練的組織實施和指導監(jiān)督工作；指導衛(wèi)生應急體系和能力建設；承擔全市突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置信息收集上報工作。
（六）醫(yī)政醫(yī)管科（中醫(yī)科、信息統(tǒng)計科、市干部保健委員會辦公室）。監(jiān)督實施國家和省醫(yī)療機構(gòu)及醫(yī)務人員、醫(yī)療技術應用、醫(yī)療質(zhì)量和安全、醫(yī)療服務、采供血機構(gòu)管理以及行風建設等行業(yè)管理政策規(guī)范、標準；組織實施醫(yī)療技術、醫(yī)療質(zhì)量、醫(yī)療服務等地方性規(guī)范、標準；承擔推進護理、康復事業(yè)發(fā)展工作；指導和管理醫(yī)院藥事、臨床重點?？平ㄔO、臨床實驗室、醫(yī)療急救體系建設、醫(yī)院感染管理等有關工作；負責開展和督導全市醫(yī)療機構(gòu)評審評價；負責征兵、招生體檢工作；會同有關部門做好醫(yī)患糾紛調(diào)處、惠民醫(yī)療、殘疾人康復、平安醫(yī)院建設、對口支援等工作；組織實施大型醫(yī)用裝備配置管理；承擔重要會議與重大活動的醫(yī)療保障工作；貫徹落實國家藥物政策和國家基本藥物制度，執(zhí)行國家基本藥物目錄和省藥品增補目錄；組織開展藥品使用監(jiān)測、臨床綜合評價和短缺藥品監(jiān)測預警，擬訂短缺藥品供應保障政策并協(xié)調(diào)實施；健全藥師繼續(xù)教育制度，指導醫(yī)療機構(gòu)藥學服務工作；提出藥品價格政策和基本藥物目錄內(nèi)藥品生產(chǎn)鼓勵扶持政策的建議；組織擬訂衛(wèi)生健康事業(yè)發(fā)展中長期規(guī)劃；統(tǒng)籌規(guī)劃與協(xié)調(diào)優(yōu)化全市醫(yī)療衛(wèi)生資源配置工作；指導全市衛(wèi)生健康事業(yè)發(fā)展規(guī)劃的編制與實施；指導衛(wèi)生健康服務體系建設；組織推進衛(wèi)生健康信息化建設；組織開展衛(wèi)生健康統(tǒng)計工作；擬訂衛(wèi)生健康科技發(fā)展規(guī)劃及相關政策；組織、指導衛(wèi)生健康科技創(chuàng)新與成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化體系建設；組織實施衛(wèi)生健康科研項目、新技術評估管理和適宜技術推廣；承擔與人體健康相關的實驗室生物安全監(jiān)督工作；組織開展住院醫(yī)師、?？漆t(yī)師培訓等畢業(yè)后醫(yī)學教育和繼續(xù)醫(yī)學教育工作，協(xié)同指導院校醫(yī)學教育；推進全科醫(yī)生隊伍建設；組織機關健康扶貧工作；擬訂中醫(yī)藥事業(yè)中長期發(fā)展規(guī)劃、計劃并組織實施；指導并監(jiān)督中醫(yī)醫(yī)療機構(gòu)及其醫(yī)務人員、醫(yī)療質(zhì)量、醫(yī)療服務等管理政策規(guī)范、標準實施；指導綜合醫(yī)院、婦幼保健機構(gòu)、?？漆t(yī)院以及基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)中的中醫(yī)藥工作；擬訂中醫(yī)藥人才發(fā)展規(guī)劃，負責中醫(yī)藥師承教育工作；負責中醫(yī)藥和中西醫(yī)結(jié)合工作的管理；負責市干部保健委員會確定的保健對象的醫(yī)療保健工作；負責國家和省市領導、重要外賓的醫(yī)療安排；負責市級部門有關干部醫(yī)療管理工作；承擔市干部保健委員會辦公室的日常工作。
（七）健康促進科（市愛國衛(wèi)生運動會委員會辦公室）。負責擬訂健康啟東建設職責分工方案、年度計劃和相關制度并協(xié)調(diào)組織實施；組織對全市各區(qū)（鎮(zhèn)）、各部門推進健康啟東建設工作的指導與督查、考核和評估，開展重大問題調(diào)研；組織開展衛(wèi)生城鎮(zhèn)、健康城鎮(zhèn)的創(chuàng)建和考核評價工作；負責農(nóng)村改廁、病媒生物防制和農(nóng)村飲用水水質(zhì)監(jiān)測工作；組織開展衛(wèi)生健康宣傳、健康教育等活動；承擔衛(wèi)生健康科學普及等工作；承擔健康啟東建設領導小組辦公室、市愛國衛(wèi)生運動委員會辦公室的日常工作。
（八）人口監(jiān)測與家庭發(fā)展科（老齡健康科）。承擔全市人口監(jiān)測預警工作并提出人口與家庭發(fā)展相關政策建議；落實生育政策；建立和完善計劃生育特殊家庭扶助制度；負責計劃生育獎勵和扶助政策的執(zhí)行、審查、監(jiān)督、協(xié)調(diào)等工作；組織擬訂并協(xié)調(diào)落實推進健康老齡化的政策措施；負責推進全市醫(yī)養(yǎng)結(jié)合工作，建立和完善老年健康服務體系；承擔老年疾病防治、老年人醫(yī)療照護、老年人心理健康與關懷服務等老年健康工作；承擔市老齡工作委員會辦公室職責，負責擬訂全市老齡工作相關政策；督促、檢查市老齡工作委員會決定事項的落實情況；指導協(xié)調(diào)老齡宣傳工作；負責聯(lián)系、協(xié)調(diào)市老齡工作委員會各成員單位。
（九）體制改革科。承擔市深化醫(yī)改綜合試點工作領導小組辦公室和公立醫(yī)院管理委員會辦公室的日常工作；組織推動公立醫(yī)院綜合改革，推進管辦分離，健全現(xiàn)代醫(yī)院管理制度；擬訂公立醫(yī)院運行監(jiān)管、績效評價和考核辦法并組織實施。
(十)安全生產(chǎn)監(jiān)管科。主要職責為牽頭擬訂本部門、本行業(yè)落實安全生產(chǎn)責任制和相關法律法規(guī)的工作規(guī)劃；指導本部門、本行業(yè)安全生產(chǎn)綜合監(jiān)管工作；組織開展本部門、本行業(yè)安全檢查和專項檢查；參與各類安全生產(chǎn)事故調(diào)查工作；綜合協(xié)調(diào)本部門、本行業(yè)安全生產(chǎn)工作等。